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51
src/opt/hdf5/include/h5_content_base.h
Normal file
51
src/opt/hdf5/include/h5_content_base.h
Normal file
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@ -0,0 +1,51 @@
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||||
#ifndef __cxz_h5_content_base_h__
|
||||
#define __cxz_h5_content_base_h__
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||||
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#include "cnorxz.h"
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||||
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||||
namespace CNORXZ
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||||
{
|
||||
namespace hdf5
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||||
{
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||||
enum class ContentType {
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||||
ATTR = 1,
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||||
FILE = 2,
|
||||
GROUP = 3,
|
||||
DSET = 4,
|
||||
TABLE = 5,
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||||
VALUE = 6,
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||||
};
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||||
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||||
class ContentBase
|
||||
{
|
||||
public:
|
||||
DEFAULT_MEMBERS(ContentBase);
|
||||
ContentBase(const String& _name, const ContentBase* _parent = nullptr);
|
||||
virtual ~ContentBase() = default;
|
||||
|
||||
virtual ContentType type() const = 0;
|
||||
virtual bool ro() const = 0;
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||||
virtual ContentBase& load() = 0;
|
||||
virtual ContentBase& write() = 0;
|
||||
virtual ContentBase& close() = 0;
|
||||
virtual MArray<ContentBase>* get() = 0;
|
||||
virtual const MArray<ContentBase>* get() const = 0;
|
||||
virtual String path() const = 0;
|
||||
virtual String file() const = 0;
|
||||
|
||||
const String& name() const;
|
||||
const ContentBase* parent() const;
|
||||
RangePtr range() const;
|
||||
|
||||
protected:
|
||||
String mName;
|
||||
const ContentBase* mParent = nullptr;
|
||||
RangePtr mRange;
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
|
||||
typedef Sptr<ContentType> ContentPtr;
|
||||
}
|
||||
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||||
#endif
|
41
src/opt/hdf5/include/h5_file.h
Normal file
41
src/opt/hdf5/include/h5_file.h
Normal file
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@ -0,0 +1,41 @@
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|||
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||||
#ifndef __cxz_h5_file_h__
|
||||
#define __cxz_h5_file_h__
|
||||
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||||
#include "h5_content_base.h"
|
||||
#include <hdf5.h>
|
||||
|
||||
namespace CNORXZ
|
||||
{
|
||||
namespace hdf5
|
||||
{
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||||
// maybe introduce abstraction layer between as base for File and Group
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||||
class File : public ContentBase
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||||
{
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||||
public:
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||||
DEFAULT_MEMBERS(File);
|
||||
File(const String& fname, bool _ro = true);
|
||||
~File();
|
||||
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||||
virtual ContentType type() const override final;
|
||||
virtual bool ro() const override final;
|
||||
virtual File& load() override final;
|
||||
virtual File& write() override final;
|
||||
virtual File& close() override final;
|
||||
virtual MArray<ContentBase>* get() override final;
|
||||
virtual const MArray<ContentBase>* get() const override final;
|
||||
virtual String path() const override final;
|
||||
virtual String filename() const override final;
|
||||
|
||||
Int exists() const;
|
||||
File& append(const ContentPtr& c);
|
||||
|
||||
private:
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||||
bool mRo = true;
|
||||
hid_t mId = 0;
|
||||
MArray<ContentPtr> mCont;
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
#endif
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27
src/opt/hdf5/lib/h5_content_base.cc
Normal file
27
src/opt/hdf5/lib/h5_content_base.cc
Normal file
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@ -0,0 +1,27 @@
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|||
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||||
#include "h5_content_base.h"
|
||||
|
||||
namespace CNORXZ
|
||||
{
|
||||
namespace hdf5
|
||||
{
|
||||
ContentBase::ContentBase(const String& _name, const ContentBase* _parent) :
|
||||
mName(_name), mParent(parent)
|
||||
{}
|
||||
|
||||
const String& ContentBase::name() const
|
||||
{
|
||||
return mName;
|
||||
}
|
||||
|
||||
const ContentBase* ContentBase::parent() const
|
||||
{
|
||||
return mParent;
|
||||
}
|
||||
|
||||
RangePtr ContentBase::range() const
|
||||
{
|
||||
return mRange;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
110
src/opt/hdf5/lib/h5_file.cc
Normal file
110
src/opt/hdf5/lib/h5_file.cc
Normal file
|
@ -0,0 +1,110 @@
|
|||
|
||||
#include "h5_file.h"
|
||||
|
||||
namespace CNORXZ
|
||||
{
|
||||
namespace hdf5
|
||||
{
|
||||
File::File(const String& fname, bool _ro) :
|
||||
ContentBase(fname),
|
||||
mRo(_ro)
|
||||
{
|
||||
Int ex = this->exists();
|
||||
const String fn = this->filename();
|
||||
CXZ_ASSERT( ex != 2, "tried to open non-h5 file '" << fn << "'" );
|
||||
if(this->ro()){
|
||||
CXZ_ASSERT( ex == 1, "could not open file as read-only: '"
|
||||
<< fn << "' does not exist'");
|
||||
mId = H5Fopen( fn.c_str(), H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT );
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
if(ex == 1){
|
||||
mId = H5Fopen( fn.c_str(), H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT );
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
mId = H5Fcreate( fn.c_str(), H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT );
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
CXZ_ASSERT( mId > 0, "error while opening file '" << fn << "'" );
|
||||
}
|
||||
|
||||
File::~File()
|
||||
{
|
||||
this->close();
|
||||
}
|
||||
|
||||
ContentType File::type() const
|
||||
{
|
||||
return ContentType::FILE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool File::ro() const
|
||||
{
|
||||
return mRo;
|
||||
}
|
||||
|
||||
File& File::load()
|
||||
{
|
||||
// !!!
|
||||
|
||||
return *this;
|
||||
}
|
||||
|
||||
File& File::write()
|
||||
{
|
||||
CXZ_ASSERT( not mRo, "could not write to file: opened as read-only" );
|
||||
for(auto& x: mCont){
|
||||
x.write();
|
||||
}
|
||||
return *this;
|
||||
}
|
||||
|
||||
File& File::close()
|
||||
{
|
||||
for(auto& x: mCont){
|
||||
x.close();
|
||||
}
|
||||
if(mId != 0){
|
||||
H5Fclose(mId);
|
||||
}
|
||||
return *this;
|
||||
}
|
||||
|
||||
MArray<ContentBase>* File::get()
|
||||
{
|
||||
return &mCont;
|
||||
}
|
||||
|
||||
const MArray<ContentBase>* File::get() const
|
||||
{
|
||||
return &mCont;
|
||||
}
|
||||
|
||||
String File::path() const
|
||||
{
|
||||
return String("/");
|
||||
}
|
||||
|
||||
String File::filename() const
|
||||
{
|
||||
return name();
|
||||
}
|
||||
|
||||
Int File::exists() const
|
||||
{
|
||||
Int ex = 0;
|
||||
std::ifstream fs(this->filename().c_str(), std::ios_base::binary);
|
||||
if(fs.good()){
|
||||
ex = 1; // file exists
|
||||
}
|
||||
fs.close();
|
||||
if(ex != 0){
|
||||
if(H5Fis_hdf5(this->filename().c_str()) <= 0){
|
||||
ex = 2; // file not in h5 format
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return ex;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
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