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51
src/opt/hdf5/include/h5_dataset.h
Normal file
51
src/opt/hdf5/include/h5_dataset.h
Normal file
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@ -0,0 +1,51 @@
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#ifndef __cxz_h5_dataset_h__
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#define __cxz_h5_dataset_h__
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#include "h5_types.h"
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||||
#include "h5_content_base.h"
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namespace CNORXZ
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{
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||||
namespace hdf5
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{
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class Dataset : public ContentBase
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||||
{
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||||
public:
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DEFAULT_MEMBERS(Dataset);
|
||||
Dataset(const String& name, const ContentBase* _parent);
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~Dataset();
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||||
virtual ContentType type() const override final;
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||||
virtual bool ro() const override final;
|
||||
virtual Dataset& open() override final;
|
||||
virtual Dataset& close() override final;
|
||||
virtual String path() const override final;
|
||||
virtual String filename() const override final;
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||||
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||||
bool exists() const;
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||||
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||||
Dataset& init(const RangePtr& dataRange, hid_t type);
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||||
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const RangePtr& dataRange() const;
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protected:
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RangePtr mDataRange;
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||||
hid_t mType;
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||||
hid_t mFilespace;
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};
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||||
template <typename T>
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||||
class SDataset : public Dataset
|
||||
{
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||||
public:
|
||||
DEFAULT_MEMBERS(SDataset);
|
||||
SDataset(const String& name, const ContentBase* _parent);
|
||||
|
||||
MArray<T> read() const;
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
}
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||||
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||||
#endif
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@ -4,6 +4,7 @@ set(libcnorxzhdf5_a_SOURCES
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|||
${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/h5_file.cc
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||||
${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/h5_group.cc
|
||||
${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/h5_table.cc
|
||||
${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/h5_dataset.cc
|
||||
)
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||||
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||||
add_library(cnorxzhdf5_obj OBJECT
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||||
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103
src/opt/hdf5/lib/h5_dataset.cc
Normal file
103
src/opt/hdf5/lib/h5_dataset.cc
Normal file
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@ -0,0 +1,103 @@
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|||
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||||
#include "h5_dataset.h"
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||||
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||||
namespace CNORXZ
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||||
{
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||||
namespace hdf5
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||||
{
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||||
Dataset::Dataset(const String& name, const ContentBase* _parent) :
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||||
ContentBase(name, _parent)
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{
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||||
if(exists()){
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||||
open();
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||||
}
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||||
}
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Dataset::~Dataset()
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{
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||||
this->close();
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}
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||||
ContentType Dataset::type() const
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||||
{
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return ContentType::DSET;
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||||
}
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||||
bool Dataset::ro() const
|
||||
{
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||||
return mParent->ro();
|
||||
}
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||||
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||||
Dataset& Dataset::open()
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||||
{
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||||
if(mId == 0 and exists()){
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||||
mId = H5Dopen(mParent->id(), mName.c_str(), H5P_DEFAULT);
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||||
mType = H5Dget_type(mId);
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||||
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||||
mFilespace = H5Dget_space(mId);
|
||||
SizeT ndims = H5Sget_simple_extent_ndims(mFilespace);
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||||
Vector<hsize_t> dims(ndims);
|
||||
H5Sget_simple_extent_dims(mFilespace, dims.data(), nullptr);
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||||
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||||
Vector<RangePtr> rs(ndims);
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||||
for(SizeT i = 0; i != ndims; ++i){
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||||
rs[i] = CRangeFactory(dims[i]).create();
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||||
}
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||||
mDataRange = yrange(rs);
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||||
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||||
// use when reading!!!:
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||||
//hid_t mem_space_id = H5Screate_simple(static_cast<hsize_t>(ndims), dims.data(), nullptr);
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||||
//hid_t xfer_plist_id = H5Pcreate(H5P_DATASET_XFER);
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||||
}
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||||
return *this;
|
||||
}
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||||
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||||
Dataset& Dataset::close()
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||||
{
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||||
if(mId != 0){
|
||||
//!!!
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||||
H5Sclose(mFilespace);
|
||||
H5Tclose(mType);
|
||||
H5Dclose(mId);
|
||||
mId = 0;
|
||||
}
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||||
return *this;
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||||
}
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||||
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||||
String Dataset::path() const
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||||
{
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||||
return mParent->path() + "/" + mName;
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||||
}
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||||
|
||||
String Dataset::filename() const
|
||||
{
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||||
return mParent->filename();
|
||||
}
|
||||
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||||
bool Dataset::exists() const
|
||||
{
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||||
return H5Lexists(mParent->id(), mName.c_str(), H5P_DEFAULT);
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||||
}
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||||
Dataset& Dataset::init(const RangePtr& dataRange, hid_t type)
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||||
{
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||||
// check if type is valid type!!!
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||||
const hid_t dcpl_id = H5Pcreate(H5P_DATASET_CREATE);
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||||
// TODO: all sub-ranges explicity!!!:
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||||
const SizeT ndim = dataRange->dim();
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||||
Vector<hsize_t> exts(ndim);
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||||
mFilespace = H5Screate_simple(ndim, exts.data(), NULL);
|
||||
mType = type;
|
||||
mId = H5Dcreate(mParent->id(), mName.c_str(), mType, mFilespace,
|
||||
H5P_DEFAULT, dcpl_id, H5P_DEFAULT);
|
||||
H5Pclose(dcpl_id);
|
||||
return *this;
|
||||
}
|
||||
|
||||
const RangePtr& Dataset::dataRange() const
|
||||
{
|
||||
return mDataRange;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
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